تعد تسلسلات الأمبليكون طريقة مستخدمة على نطاق واسع لوصف المجتمعات الميكروبية عبر أنواع العينات البيئية والمتعلقة بالمضيف. ومع ذلك، يمكن أن تؤدي التغيرات في طرق استخراج DNA، وتأثيرات دفعات التس sequencing، والتلوث، والعينات منخفضة الجودة إلى تحيزات تعوق القابلية للتكرار والمقارنات عبر العينات. هنا، نقدم بروتوكولًا معياريًا وقابلًا للتكرار لتنظيف تسلسل الأمبليكون الذي يستوعب أنواع عينات وتجارب متنوعة. هذا التدفق القياسي يضيف تصفية الجودة، وإزالة الملوثات، وتصحيح الدفعة، والتعليق الوظيفي لتمكين تحليلات قوية لاحقة للمجتمعات البكتيرية والفطرية. يدمج البروتوكول خط أنابيب BU16S-ITS لاستنتاج ASV مع أدوات تعتمد على R لتنظيف البيانات وتطبيعها، وهو مناسب للمشاريع التي تستخدم منصات تسلسل Illumina. الكود والوثائق متاحة على https://github.com/k-atherton/AmpliconSequenceDataProcessing.
أثرتون وآخرون (الأربعاء) درسوا هذا السؤال.