التحليل المتكامل لبيانات النسخ الجينومية الجماعية والفردية يحدد العلامات البيولوجية التنبؤية في انتشار سرطان الثدي

يظل سرطان الثدي (BC) أحد الأسباب الرئيسية للوفيات المرتبطة بالسرطان بين النساء في جميع أنحاء العالم، حيث يُعتبر الانتشار البعيد العامل الرئيسي في توقع النتائج السيئة. ومع ذلك، لا تزال الآليات الجزيئية التي تدفع انتشار سرطان الثدي غير مفهومة تمامًا. قمنا بدمج ثلاث مجموعات بيانات ميكروأري عامة (GSE14776، GSE103357، وGSE32489) لتحديد الجينات المعبَّرة بشكل مختلف (DEGs) المرتبطة بانتشار سرطان الثدي. تم إجراء تحليل enrichmenata الوظيفية، وبناء شبكة تفاعل البروتينات (PPI)، وتحديد الجينات المركزية باستخدام أدوات المعلوماتية الحيوية بما في ذلك DAVID وSTRING وCytoscape وR. تم تقييم الأهمية التنبؤية للجينات المركزية باستخدام مخطط Kaplan-Meier وGEPIA. تم التحقق من التعبير من خلال UALCAN، وطرق المناعة النسيجية (IHC)، وتحليل تسلسل RNA الخلوية الفردية (scRNA-seq) من مجموعة بيانات GSE180286. تم تحديد ما مجموعه 295 جينًا متميزًا مشتركًا عبر المجموعات الثلاث، موزعة على مسارات مثل إشارات MAPK، وإشارات Rap1، وجزيئات التصاق الخلايا. تم تحديد عشرين جينًا مركزيًا من شبكة PPI، مع ثمانية منها تُظهر قيمة تنبؤية قوية. من بينهم، برز PRC1 وPOLR3H كعلامات بيولوجية جديدة محتملة. أكدت IHC التعبير التفاضلي للبروتينات PRC1، CDCA8، KIF14، وPOLR3H. كشف تحليل scRNA-seq عن أن هذه الجينات المركزية تم التعبير عنها بشكل رئيسي في الخلايا الظهارية الخبيثة وخلايا الانتقال الظهاري mesenchymal (EMT)، وخاصة تلك المأخوذة من مواقع العقد اللمفية المنتشرة. حدد هذا التحليل المتكامل الذي يجمع بين بيانات النسخ الجينومي الجماعي والفردي الجينات الرئيسية المرتبطة بالانتشار في سرطان الثدي. ويمكن أن تعمل PRC1 وPOLR3H، بشكل خاص، كعلامات بيولوجية تنبؤية جديدة وأهداف علاجية محتملة.