لقد تسارع التعلم العميق في تصميم البروتينات، لكن معظم الطرق الموجودة مقيدة بتوليد إحداثيات هيكل البروتين وغالبًا ما تتجاهل التفاعلات مع جزيئات بيومولكية أخرى. نقدم RFdiffusion3 (RFD3)، نموذج انتشار يقوم بتوليد هياكل البروتين في سياق الروابط، والأحماض النووية، وغيرها من التكوينات غير البروتينية من الذرات. نظرًا لأن جميع ذرات البوليمر يتم نمذجتها بشكل صريح، فإن تأهيل النموذج على مجموعات معقدة من القيود على مستوى الذرات لتصميم الإنزيمات والتحديات الأخرى هو أبسط وأكثر فعالية من الطرق السابقة. يحقق RFD3 أداءً محسناً مقارنة بالطرق السابقة على مجموعة من المعايير التجريبية بمعدل تكلفة حسابية تعادل عُشر التكلفة. أخيرًا، نُظهر applicability الواسعة لـ RFD3 من خلال تصميم وتحليل تجريبي للبروتينات المرتبطة بالحمض النووي والبروتينات الهيدرازية. القدرة على توليد هياكل البروتين بسرعة بناءً على مجموعات معقدة من القيود على مستوى الذرات في سياق ذرات غير بروتينية عشوائية ينبغي أن توسع نطاق الوظائف الممكنة من خلال تصميم البروتينات.
بحث بوتشر وآخرون (الخميس،) في هذا السؤال.