تكتسب طرق الطاقة الحرة الكيميائية زخمًا في اكتشاف الأدوية بمساعدة الحاسوب. تتوفر مجموعة متزايدة من المنهجيات لإعداد وتنفيذ وتحليل حسابات الطاقة الحرة المرتبطة بالتفاعلات (RBFE). ومع ذلك، غالبًا ما تعيق برامج وأشكال ملفات غير متوافقة مشاركة الخوارزميات والبروتوكولات التي طورتها منظمات مختلفة. في هذا العمل، استثمرنا إطار عمل BioSimSpace لبناء سير عمل RBFE معيارية وقابلة للتشغيل المتبادل. قمنا بتقييم أداء أدوات الإعداد والمحاكاة والتحليل المختلفة التي طورتها المجتمع على مجموعة مرجعية من ست سلاسل بروتين-رابطة، موفرين توصيات حول أفضل الممارسات للتطبيق الموثوق لطرق RBFE في اكتشاف الأدوية.
درس هيرز وآخرون (الخميس) هذا السؤال.