PertEval-scFM: تقييم نماذج الأساس للخلايا الفردية لتوقع تأثير الاضطرابات

النمذجة الحاسوبية للاستجابة النسخية للاضطرابات أمر حاسم لتعزيز فهمنا للعمليات الخلوية وآليات المرض. نقدم PertEval-scFM، وهو إطار معياري مصمم لتقييم النماذج لتوقع تأثير الاضطرابات. نطبق PertEval-scFM لتقييم تجسيدات نموذج الأساس للخلايا الفردية (scFM) في ظروف عدم وجود معلومات مسبقة مقارنة بالنماذج الأساسية الأكثر بساطة لتحديد ما إذا كانت هذه التمثيلات السياقية تعزز من توقع تأثير الاضطرابات. تظهر نتائجنا أن تجسيدات scFM لا تقدم تحسينات متسقة على النماذج الأساسية، خاصة في ظل تغير التوزيع. بالإضافة إلى ذلك، تكافح جميع النماذج في توقع تأثيرات الاضطرابات القوية أو غير المعتادة. بشكل عام، يوفر هذه الدراسة تقييمًا منهجيًا لتجسيدات scFM دون معلومات مسبقة لتوقع تأثير الاضطرابات، مما يبرز التحديات التي تواجه هذه المهمة وكشف القيود على الجيل الحالي من scFM. تؤكد نتائجنا على الحاجة إلى نماذج متخصصة ومجموعات بيانات عالية الجودة التي تلتقط مجموعة أوسع من الحالات الخلوية. يمكن العثور على الشيفرة المصدرية والتوثيق في: https://github.com/aaronwtr/PertEval.