METI: التحليل العميق للبيئات الورمية من خلال دمج شكل الخلايا وعلم النسخ الجزيئي الفراغي

التقدم الحديث في تقنيات علم النسخ الجزيئي الفراغي (ST) يوفر رؤى قيمة حول التفاعلات الخلوية داخل البيئة المجهرية للورم (TME). ومع ذلك، تفتقر معظم الأدوات التحليلية إلى مراعاة الميزات النسجية وتعتمد على بيانات تسلسل RNA للخلايا الفردية المتطابقة، مما يحد من فعاليتها في دراسات TME. لمعالجة ذلك، نقدم محلل النسخ الجزيئي الفراغي المحسن بشكل الشكل (METI)، وهو إطار شامل يرسم خلايا السرطان ومكونات TME، ويصنف أنواع الخلايا وحالاتها، ويحلل التواجد المشترك للخلايا. من خلال دمج علم النسخ الجزيئي الفراغي، وشكل الخلايا، وتوقيعات الجينات المختارة، يعزز METI فهمنا للمشهد الجزيئي والتفاعلات الخلوية داخل الأنسجة. نقوم بتقييم أداء METI على بيانات ST المستمدة من أنسجة ورمية متنوعة، بما في ذلك سرطانات المعدة والرئة والمثانة، بالإضافة إلى الأنسجة القابلة للتطور. كما نجري مقارنة كمية بين METI والأدوات الحالية للتجميع والتحليل الخلوي، مما يوضح أداء METI القوي والثابت. يمكن أن يعزز دمج علم الأنسجة النسجية مع علم النسخ الجزيئي الفراغي (ST) بشكل كبير من تحليل تباين الورم والبيئة المجهرية للورم (TME). هنا، يقدم المؤلفون METI، وهو إطار حسابي لتحليل خلايا السرطان وTME المعقدة من خلال دمج ST مع تصوير الأنسجة.