Key points are not available for this paper at this time.
الاكتشاف التجريبي للبقايا الحيوية لتفاعلات البروتينات (PPI) هو عملية تستغرق وقتًا طويلاً، وكلفة مرتفعة، وتتطلب جهدًا كبيرًا. لذلك، تم تطوير طرق عالية الإنتاجية لتوقع النقاط الساخنة للتفاعل بين البروتينات، ولكن تم التحقق منها باستخدام مجموعات بيانات صغيرة نسبيًا، مما قد يضر بموثوقيتها التنبؤية. هنا، نقدم PPI-hotspot ID، وهو طريقة جديدة لتحديد النقاط الساخنة للتفاعل بين البروتينات باستخدام الهيكل الحر للبروتين، وقمنا بالتحقق منها على أكبر مجموعة من النقاط الساخنة للتفاعل بين البروتينات المؤكدة تجريبيًا حتى الآن. لقد استكشفنا إمكانية اكتشاف النقاط الساخنة للتفاعل بين البروتينات باستخدام (i) FTMap في وضع PPI، الذي يحدد النقاط الساخنة على واجهات البروتينات من الهيكل الحر للبروتين، و(ii) البقايا الواجهة التي تم التنبؤ بها بواسطة AlphaFold-Multimer. حقق PPI-hotspot ID أداءً أفضل من FTMap وSPOTONE، وهو خادم ويب يتنبأ بالنقاط الساخنة للتفاعل بين البروتينات بناءً على تسلسل البروتين. عند دمجه مع البقايا الواجهة المتوقعة بواسطة AlphaFold-Multimer، قدم PPI-hotspot ID أداءً أفضل من أي طريقة بمفردها. علاوة على ذلك، قمنا بالتحقق تجريبيًا من العديد من النقاط الساخنة للتفاعل بين البروتينات المتوقعة بواسطة PPI-hotspot ID لعامل الإطالة حقيقي النواة 2. ومن الملحوظ أن PPI-hotspot ID يمكن أن يكشف عن النقاط الساخنة للتفاعل بين البروتينات غير الواضحة من الهياكل المعقدة، بما في ذلك تلك التي في اتصال غير مباشر مع الشركاء الرابطين. يعمل PPI-hotspot ID كأداة قيمة لفهم آليات التفاعل بين البروتينات والمساعدة في تصميم الأدوية. وهو متاح كخادم ويب ( https://ppihotspotid.limlab.dnsalias.org/ ) وكود مفتوح المصدر ( https://github.com/wrigjz/ppihotspotid/ ).
درس تشين وآخرون (ثلاثاء) هذا السؤال.