Key points are not available for this paper at this time.
الملخص: يعد ارتباط عوامل النسخ (TF) مكوناً رئيسياً من تنظيم الجينوم. هناك العديد من الطرق التجريبية ذات الإنتاجية العالية لوصف تفضيلات ارتباط TF-DNA. ومع ذلك، فإن تطبيقها يتطلب الكثير من الجهد والمال، مما يجعل من الصعب تحديد كل عوامل النسخ. على سبيل المثال، لا تزال تفضيلات الارتباط لحوالي 25% من عوامل النسخ البشرية غير معروفة؛ حيث لم يتم تحديدها تجريبياً أو استنتاجها حسابياً. نقدم نهجاً قائماً على الهيكل لتوقع تفضيلات الارتباط لعوامل النسخ ونمذجة معقدات التنظيم التلقائي. نوضح مزايا استخدام نهجنا مقارنةً بتوقع الجوار الأقرب الكلاسيكي في حدود التجانس البعيد. بدءاً من تسلسل أو بنية TF، نتوقع تفضيلات الارتباط في شكل أنماط تستخدم بعد ذلك لمسح تسلسل DNA للعثور على occurrences. يتم تقييم أفضل المطابقات إما باستخدام نقطة ارتباط أو تجمع للنمذجة اللاحقة في معقد تنظيمي ذا ترتيب أعلى مع DNA. يتم نمذجة التعاون بواسطة: (أ) التوطين المشترك لعوامل النسخ و (ب) النمذجة الهيكلية لتفاعلات البروتين-بروتين بين عوامل النسخ ومع العوامل المساعدة. لقد طبقنا نهجنا لنمذجة التلقائية لهيكل تحفيز الإنترفيرون-β ومعقدات الرائدة لـ OCT4 وSOX2 (أو SOX11) وKLF4 مع النوكليوزوم، والتي تتم مقارنتها بالهياكل المعروفة تجريبياً.
درس فورنيز وآخرون (الخميس) هذا السؤال.