كشف المتحولات من فيروس SARS-COV-2 ونسبها في عينات مياه الصرف الصحي باستخدام تقنية التسلسل الجيني المتقدم في فنلندا

الملخص: قد تتمتع متحولات فيروس كورونا المستجد SARS-CoV-2 بخصائص مختلفة، مثل: في انتقال العدوى، والوفيات، وفعالية اللقاحات، مما يدل على أهمية كشف المتحولات على مستوى السكان. وقد أظهرت المراقبة القائمة على مياه الصرف الصحي لتمزقات RNA لفيروس SARS-CoV-2 أنها وسيلة فعالة لمراقبة جائحة COVID-19 على مستوى السكان. تعتبر مياه الصرف الصحي مصفوفة عينة معقدة تتأثر بالعوامل البيئية والمثبطات الخاصة بتفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، مما يسبب تغطية غير كافية في التسلسل، على سبيل المثال. وبالتالي، فإن النتائج التي تكون فيها جزء من الجينوم لا يحتوي على تغطية كافية ليست نادرة. لتحديد المتحولات ونسبها في مياه الصرف الصحي على مر الزمن، استخدمنا تقنية التسلسل الجيني المتقدم مع مجموعة البرايمر من شبكة ARTIC وخط أنابيب المعلوماتية الحيوية لتقييم وجود المتحولات في بيانات الجينوم الجزئية. بناءً على بيانات مياه الصرف من نوفمبر 2021 إلى فبراير 2022، كانت متحولة Delta مهيمنة حتى منتصف ديسمبر في هلسنكي، عاصمة فنلندا، وبعد ذلك في أواخر ديسمبر 2022 أصبحت متحولة Omicron الأكثر شيوعًا. في الوقت نفسه، تفوقت متحولة Omicron من SARS-CoV-2 على متحولة Delta السابقة في فنلندا في حالات COVID-19 الجديدة. تتوافق نتائج متحولات SARS-CoV-2 المستخلصة من مياه الصرف الصحي مع المعلومات المتعلقة بالمتحولات التي تم الحصول عليها من عينات المرضى عند مقارنة الاتجاهات بصريًا في منطقة شبكة الصرف الصحي. يشير هذا إلى أن تسلسل مياه الصرف الصحي هو وسيلة فعالة لمراقبة الاتجاهات الزمنية والمكانية لمتحولات SARS-CoV-2 على مستوى السكان.