SciGeneX: تعزيز التحليل النسخي من خلال اكتشاف وحدات الجينات في بيانات RNA-Seq أحادي الخلية والنسخ الجغرافي.

الملخص تركز نقطة الانطلاق القياسية لتحليل بيانات scRNA-seq أو بيانات النسخ الجغرافي على نهج مركز على الجينات، مما يتجاوز السلوك الجماعي للجينات. ومع ذلك، ينبغي النظر إلى تجمعات الخلايا كتركيبات معقدة من المسارات المفعلّة والمكبوحة. وبالتالي، فإن النظرة الأوسع لسلوك الجينات ستوفر معلومات أكثر دقة حول التنوع الخلوي في بيانات النسخ الجغرافي أو RNA-Seq أحادي الخلية. هنا، قمنا بوصف SciGeneX، وهو حزمة R تقوم بتطبيق تحليل الجوار وطريقة تقسيم الرسم البياني لتوليد وحدات الجينات المترابطة. تعكس هذه الوحدات الجينية، التي يمكن أن تكون مشتركة أو مقيدة بين تجمعات الخلايا، تجمعات الخلايا بشكل جماعي، وقدراتها على تسليط الضوء على تجمعات خلايا معينة، حتى النادرة منها. كانت SciGeneX قادرة أيضًا على كشف النقاب عن تجمعات خلايا نادرة وجديدة لم يتم ملاحظتها من قبل في بيانات النسخ الجغرافي للمضعف البشري. نوضح أن SciGeneX يتفوق على الأساليب الحالية على كل من البيانات الاصطناعية والتجريبية. بشكل عام، ستساعد SciGeneX في كشف التنوع الخلوي والجزيئي في دراسات النسخ الجغرافي وRNA-Seq أحادي الخلية. حزمة R متاحة على https://github.com/dputhier/scigenex.