نهج حساس وقابل للتطوير لاستهداف RNA أحادي الشريط باستخدام الاستقطاب الفلوري لمراقبة حالات تحول riboswitch.

الملخص إن قدرة riboswitches على الخضوع لتغيرات شكلية استجابةً لارتباطها بالأصباغ الأصلية مرتبطة ارتباطًا وثيقًا بأدوارها الوظيفية وهي هدف جذاب لتصميم الأدوية المضادة للميكروبات. هنا، قمنا بتأسيس اختبار استقطاب فلوري قائم على المجس لمراقبة تبديلات شكل riboswitch بحساسية عالية وعبر إنتاجية كبيرة. باستخدام بكتيريا Bacillus subtilis yitJ S-Box (SAM-I) وعناصر Fusobacterium nucleatum impX RFN من (FMN) ومجموعة cyclic-di-GMP من riboswitches Vibrio cholerae كنظم نموذجية، طورنا مجسات DNA فلورية قصيرة تتعرف بشكل محدد على حالات riboswitch سواء كانت خالية من الأصباغ أو مرتبطة بها. أظهرنا أن زيادة تركيزات الأصباغ الأصلية تسبب تغييرات قابلة للقياس والتكرار في الاستقطاب الفلوري ترتبط بتغيرات riboswitch الشكلية التي لوحظت من خلال تحليل الجل الطبيعي. علاوة على ذلك، قمنا بتطبيق اختبارنا على عدة نظائر الأصباغ وأكدنا أنه يمكن أن يميز بين الأصباغ التي ترتبط، مما يحفز التغيير الشكل الأصلي، وتلك التي ترتبط بدون التسبب في التغيير الشكل. هذه المنصة الجديدة تفتح إمكانية فحص مكتبات المركبات بسرعة عالية لتحديد مضادات حيوية جديدة محتملة تستهدف بشكل محدد التغيرات الشكلية الوظيفية في riboswitches.