أدوات محسّنة لمقارنة التسلسلات البيولوجية.

لقد قمنا بتطوير ثلاثة برامج حاسوبية لمقارنة تسلسلات البروتين وDNA. يمكن استخدامها للبحث في قواعد بيانات التسلسلات، وتقييم درجات التشابه، وتحديد الهياكل الدورية بناءً على التشابه المحلي للتسلسل. برنامج FASTA هو نسخة أكثر حساسية من برنامج FASTP، والذي يمكن استخدامه للبحث في قواعد بيانات تسلسل البروتين أو DNA ويمكنه مقارنة تسلسل بروتين بقواعد بيانات تسلسل DNA من خلال ترجمة قاعدة بيانات DNA أثناء عملية البحث. يتضمن FASTA خطوة إضافية في حساب درجة التشابه الأولية على أساس أزواج التتابع، مما يسمح بدمج مناطق متعددة من التشابه لزيادة درجة التسلسلات ذات الصلة. يمكن استخدام برنامج RDF2 لتقييم دلالة درجات التشابه باستخدام طريقة خلط تحافظ على تركيبة التسلسل المحلي. يمكن لبرنامج LFASTA عرض جميع مناطق التشابه المحلي بين تسلسلين مع درجات أكبر من حد معين، باستخدام نفس معايير التقييم وخوارزمية محاذاة مماثلة؛ يمكن عرض هذه التشابهات المحلية كـ "رسم بياني مصفوفي" أو كصفوف فردية. بالإضافة إلى ذلك، تم تعميم هذه البرامج للسماح بمقارنة تسلسلات DNA أو البروتين على أساس مجموعة متنوعة من مصفوفات التقييم البديلة.