November 11, 2009Bioinformatics45,129 citationsOpen Access
View Full PaperedgeR: حزمة Bioconductor لتحليل التعبير التفاضلي لبيانات التعبير الجيني الرقمي
Key Points
Key points are not available for this paper at this time.
Abstract
ملخص: من المتوقع أن تفوق تقنيات التعبير الجيني الرقمي الناشئة (DGE) تقنيات الميكروأري في المستقبل القريب للعديد من تطبيقات الجينوم الوظيفي. واحدة من مهام تحليل البيانات الأساسية، خاصة لدراسات التعبير الجيني، تتعلق بتحديد ما إذا كانت هناك أدلة على أن الأعداد الناتجة عن النسخ أو الإكسونات تختلف بشكل كبير عبر ظروف تجريبية مختلفة. edgeR هي حزمة برمجيات Bioconductor لفحص التعبير التفاضلي لبيانات العد المعاد تكرارها. يتم استخدام نموذج بواسون ذو تشتت زائد للتعامل مع كل من التباين البيولوجي والتقني. تستخدم طرق باي التجريبية لتعديل درجة التشتت الزائد عبر النسخ، مما يحسن موثوقية الاستنتاج. يمكن استخدام المنهجية حتى مع أدنى مستويات التكرار، شريطة أن يتم تكرار على الأقل نمط ظاهري أو حالة تجريبية واحدة. قد تكون للبرمجيات تطبيقات أخرى بخلاف بيانات التسلسل، مثل بيانات عد ببتيد البروتيوم. التوفر: الحزمة متاحة مجانًا بموجب ترخيص LGPL من موقع Bioconductor على الويب (http://bioconductor.org). الاتصال: mrobinson@wehi.edu.au