February 16, 2011Open Access
View Full PaperFIMO: البحث عن occurrences لنمط معين
Key Points
Key points are not available for this paper at this time.
Abstract
ملخص: النمط هو تسلسل DNA أو بروتين قصير يساهم في الوظيفة البيولوجية للتسلسل الذي يتواجد فيه. على مدى العقود القليلة الماضية، تم وصف العديد من الطرق الحاسوبية لتحديد الأنماط، وتوصيفها، والبحث بها. يعتبر القدرة على مسح قاعدة بيانات التسلسلات للبحث عن occurrences لنمط معين موصوف بواسطة مصفوفة تكرار محددة الموضع، أمراً حاسماً في أي خط أنابيب لتحليل التسلسلات المعتمدة على الأنماط. النتائج: نصف Find Individual Motif Occurrences (FIMO)، أداة برمجية لمسح تسلسلات DNA أو البروتينات مع الأنماط الموضحة كمصفوفات تسجيل محددة الموضع. يقوم البرنامج بحساب نسبة احتمالية اللغاريتم لكل موقع في قاعدة بيانات التسلسلات المعطاة، ويستخدم طرق البرمجة الديناميكية المعتمدة لتحويل هذه النتيجة إلى قيمة P ثم يطبق تحليل معدل الاكتشاف الخاطئ لتقدير قيمة q لكل موقع في التسلسل المعطى. يوفر FIMO مخرجات بمجموعة متنوعة من التنسيقات، بما في ذلك HTML و XML و عدة تنسيقات لمتصفح جينوم سانتا كروز. البرنامج فعال، مما يسمح بمسح تسلسلات DNA بمعدل 3.5 ميغابت في الثانية على وحدة معالجة مركزية واحدة. التوافر والتنفيذ: FIMO هو جزء من مجموعة أدوات البرمجيات MEME. تتوفر خادم ويب وشيفرة المصدر على http://meme.sdsc.edu. الاتصال: t.bailey@imb.uq.edu.au; t.bailey@imb.uq.edu.au المعلومات التكميلية: البيانات التكميلية متاحة على Bioinformatics online.