Key points are not available for this paper at this time.
العناصر القابلة للنقل (TEs) هي تسلسلات DNA متكررة ومتحركة توجد تقريبًا في جميع الجينومات بدائية النواة وحقيقية النواة. لها تأثير كبير على هيكل الجينوم ووظيفته وتطوره. مع التطور الأخير لطرق التسلسل عالية الإنتاجية، أصبحت العديد من تسلسلات الجينوم متاحة، مما يجعل من الممكن إجراء دراسات مقارنة لديناميات TEs على نطاق غير مسبوق. تم اقتراح عدة طرق للتحديد الجديد للعناصر القابلة للنقل في الجينومات المتسلسلة. تبدأ معظمها بالكشف عن التكرارات الجينومية، لكن الخطوات اللاحقة لتعريف عائلات TEs تختلف. تتوفر تعليقات TEs عالية الجودة لتسلسلات الجينوم لكل من ذبابة الفاكهة (Drosophila melanogaster) والنبات الأرابي (Arabidopsis thaliana)، مما يوفر أساسًا قويًا لتقييم مثل هذه الأساليب. قمنا بمقارنة أداء خوارزميات معينة لتجميع التكرارات المتداخلة ووجدنا أن مجموعة معينة من الخوارزميات فقط هي التي اكتشفت عائلات TEs مع استرداد جيد للتسلسلات المرجعية. ثم قمنا بتطبيق إجراء جديد لتوفيق النتائج التجميعية المختلفة وتصنيف تسلسلات TEs. تم تنفيذ كل النهج في خط أنابيب باستخدام حزمة REPET. أخيرًا، نظهر أن نهجنا المشترك يبرز ديناميات عائلات TEs المحددة جيدًا من خلال تمكين التعرف على الاختلافات الهيكلية بين نسخها. يجعل هذا النهج من الممكن تعريف عائلات TEs ودراسة تنوعها في تحليل واحد، مما يعزز فهمنا لديناميات TEs على نطاق الجينوم الكامل وللأنواع المتنوعة.
درس فلوتري وآخرون (Mon،) هذا السؤال.