أثر طرق العزل المتباينة للحويصلات خارج الخلوية على تحليل RNA في المراحل اللاحقة

على الرغم من الاهتمام الكبير بدور الحويصلات خارج الخلوية، بما في ذلك الإكسوسومات، في السرطان واستخدامها كعلامات حيوية للتشخيص، والتنبؤ، واستجابة الأدوية، والانتكاس، فإنه لا يوجد توافق على بروتوكولات العزل الموثوقة. نحن نقدم تقييمًا مقارنًا لأربعة بروتوكولات لعزل الإكسوسوم من حيث إمكانية استخدامها، والعائد، والنقاء، وتأثيرها على الأساليب الأومكس في اكتشاف العلامات الحيوية. تتفوق تقنية الطرد المركزي بالتدرج الكثافي (OptiPrep) على الطرد المركزي الفائق وExoQuick وTotal Exosome Isolation من حيث النقاء، كما يتضح من العدد الأعلى من النانوهيدرات الإيجابية CD63، وأعلى غنى في بروتينات علامة الإكسوسوم، وعدم وجود بروتينات ملوثة مثل تعقيدات Argonaute-2 الخارجية. تكشف أنقى فئات الإكسوسوم عن ملف تعريف mRNA فريد غني بالوظائف المرتبطة بالترجمة، والريبوسوم، والميتوكوندريا، وبداخل النواة. تظهر نتائجنا أن تنفيذ تقنيات عالية النقاء هو شرط أساسي للحصول على بيانات أومكس موثوقة وتحديد الوظائف والعلامات الحيوية الخاصة بالإكسوسوم.