كراكن: تصنيف التسلسل الميتاجيني فائق السرعة باستخدام المحاذاة الدقيقة

كراكن هو برنامج فائق السرعة ودقيق للغاية لتعيين تسميات تصنيفية لتسلسل الحمض النووي الميتاجيني. البرامج السابقة المصممة لهذه المهمة كانت بطيئة نسبيًا ومكلفة حسابيًا، مما أجبر الباحثين على استخدام برامج تقدير الوفرة الأسرع، التي تصنف فقط مجموعات صغيرة من البيانات الميتاجينية. باستخدام المحاذاة الدقيقة لـ k-mers، يحقق كراكن دقة تصنيف تعادل أسرع برنامج BLAST. في وضعه الأسرع، يصنف كراكن قراءات بطول 100 قاعدة بمعدل يزيد عن 4.1 مليون قراءة في الدقيقة، مما يجعله أسرع بـ 909 مرات من ميغابلاست وأسرع بـ 11 مرة من برنامج تقدير الوفرة ميتا فلان. كراكن متاح على http://ccb.jhu.edu/software/kraken/.