تقديم EzTaxon-e: قاعدة بيانات تسلسل جين 16S rRNA بدائية النواة تحتوي على نوعيات تمثل أنواع غير مزروعة

على الرغم من التقدم الأخير في أنظمة التعريف المحسّنة تجارياً، لا يزال تعريف البكتيريا مهمة صعبة في العديد من المختبرات الميكروبيولوجية الروتينية، وخاصة في الحالات التي تتضمن عزلات جديدة تصنيفياً. تم استخدام جين 16S rRNA بشكل واسع لهذه المهمة عند الاقتران بقاعدة بيانات منظمة جيداً، مثل EzTaxon، التي تحتوي على تسلسلات سلالات نوعية من الأنواع بدائية النواة بأسماء منشورة بشكل صحيح. على الرغم من أن قاعدة بيانات EzTaxon قد تم استخدامها على نطاق واسع للتعريف الروتيني لعزلات بدائية النواة، إلا أن تسلسلات من بدائيات النوى غير المزروعة لم يتم اعتبارها. هنا، يتم تقديم قاعدة البيانات الجديدة، المسماة EzTaxon-e، بشكل رسمي. تغطي هذه القاعدة الجديدة ليس فقط الأنواع داخل النظام الاسمي الرسمي ولكن أيضاً نوعيات قد تمثل الأنواع في الطبيعة. بالإضافة إلى وظيفة التعريف المعتمدة على أداة البحث الأساسية عن المحاذاة المحلية (blast) والمحاذاة العالمية التسلسلية، تم اقتراح طريقة موضوعية جديدة لتقييم درجة الاكتمال في التسلسل. لقد خضعت جميع التسلسلات الموجودة في قاعدة بيانات EzTaxon-e لتحليل سلالي وهذا أسفر عن نظام تصنيف هرمي كامل. ويستنتج أن قاعدة بيانات EzTaxon-e توفر دعامة تصنيفية مفيدة لتعريف بدائيات النوى المزروعة وغير المزروعة وتقدم وسيلة قيمة للتواصل بين الميكروبيولوجيين الذين يواجهون عادة عزلات جديدة تصنيفياً. يمكن العثور على قاعدة البيانات ووظائفها التحليلية على http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/.