أدوات وأفضل الممارسات لمعالجة البيانات في تحليل التعبير المتماثل

أصبح تحليل التعبير المتماثل مهمًا لدمج بيانات الجينوم والترانسكريبتوم لتوصيف ظواهر بيولوجية متنوعة مثل التغييرات التنظيمية الجسيمة والانحلال المدعوم بالعزل. نقوم بتحليل خصائص بيانات عدد قراءات التعبير المتماثل ومصادر الخطأ الفنية، مثل قراءات RNA-seq ذات الجودة المنخفضة أو المكررة، أخطاء تحديد النمط الجيني، انحياز تخطيط التعبير المتماثل، والمتغيرات الفنية الناتجة عن إعداد العينات والتسلسل، والتغير في العمق الكلي للقراءة. نقدم إرشادات لتصحيح هذه الأخطاء، ونوضح أن تدابير مراقبة الجودة لدينا تحسن الكشف عن التعبير المتماثل ذي الصلة، ونقدم أدوات للإنتاج السريع لبيانات التعبير المتماثل من بيانات RNA-sequencing.