أكيلا: قاعدة بيانات وتحليل الأوميكس المكاني

الأوميكس المكاني هو نهج يتطور بسرعة لاستكشاف البيئة الدقيقة للنسيج والشبكات الخلوية من خلال دمج المعرفة المكانية مع معلومات التعبير الجيني أو البروتيني. ومع ذلك، هناك نقص في قواعد البيانات التي يمكن للمستخدمين الوصول إليها وتحليل بيانات الأوميكس المكاني. لمعالجة هذه القيود، قمنا بتطوير أكيلا، وهي منصة شاملة لإدارة وتحليل بيانات الأوميكس المكاني. تحتوي أكيلا على 107 مجموعة بيانات من 30 مرضاً، بما في ذلك أكثر من 6500 منطقة اهتمام، و15.7 مليون خلية. تغطي قاعدة البيانات دراسات من تحليلات النقل الجزيئي والبروتيني، والتجارب ثنائية وثلاثية الأبعاد، وتقنيات مختلفة. تقدم أكيلا تصور بيانات الأوميكس المكاني في تنسيقات متعددة مثل توزيع الخلايا المكاني، التعبير المكاني والتزامن لعوامل معينة. كما تسمح أكيلا للمستخدمين بإجراء العديد من التحليلات المكانية الأساسية والمتقدمة على أي مجموعة بيانات. بالإضافة إلى ذلك، يمكن للمستخدمين تقديم بيانات الأوميكس المكاني الخاصة بهم للتصور والتحليل في بيئة آمنة ومحمية. أخيراً، يمكن تثبيت أكيلا كتطبيق فردي على سطح المكتب ويقدم خدمة API RESTful للمستخدمين المتقدمين للوصول إلى قاعدة البيانات. بشكل عام، توفر أكيلا رؤى مفصلة حول التعبير الجيني والبروتيني في الأنسجة من منظور مكاني. أكيلا متاحة على https://aquila.cheunglab.org.