JCat: أداة جديدة لتكييف استخدام الشفرات الجينية لجين مستهدف مع مضيفه المحتمل للتعبير

تم تطوير طريقة جديدة لتكييف استخدام الشفرات للجين المستهدف مع معظم الكائنات بدائية النواة المتسلسلة ومضيفات التعبير الجيني حقيقية النواة المختارة، لتحسين إنتاج البروتين الغريب. على عكس الأدوات الموجودة، فإن JCat (أداة تكييف الشفرات بلغة الجافا) لا تتطلب التعريف اليدوي للجينات ذات التعبير العالي، وبالتالي فهي طريقة سريعة وسهلة للغاية. تشمل خيارات JCat الأخرى لتكييف الشفرات تجنب مواقع القطع غير المرغوب فيها للإنزيمات المقيّدة والمُنهيات المستقلة عن رهو. وإخراج JCat يتوفر بشكل بصري وكقيم لمؤشر تكييف الشفرات (CAI) المعطاة للتسلسل الملصق والتسلسل المكيف حديثًا. بالإضافة إلى ذلك، يمكن رفع قائمة من الجينات بتنسيق FASTA لحساب قيم CAI. في أحد الأمثلة، تم تكييف جميع جينات جينوم Caenorhabditis elegans مع استخدام الشفرات الخاص بـ Escherichia coli وتم تحسينها بشكل أكبر لتجنب مواقع القطع الشائعة الاستخدام. في مثال ثانٍ، تم تكييف استخدام شفرات جين exbD من Pseudomonas aeruginosa مع استخدام الشفرات الخاص بـ E. coli مع تجنب متوازي لنفس مواقع القطع. بالنسبة لكلاهما، تم توثيق وتقييم درجة التغييرات المقدمة. JCat مدمجة في قاعدة بيانات PRODORIC التي تستضيف جميع المعلومات المطلوبة حول الكائنات المختلفة للوفاء بالحسابات المطلوبة. JCat متاح مجانًا على http://www.prodoric.de/JCat.