Key points are not available for this paper at this time.
لقد كانت العلاقة النسبية بين الأنواع Drosophila erecta وD. yakuba التي تم تسلسلها بالكامل الآن بالنسبة لمجمع الأنواع D. melanogaster موضع جدل. تم الإبلاغ عن جميع التجميعات الثلاثة الممكنة للأنواع في الماضي، على الرغم من أن الدراسات متعددة الجينات الحديثة تشير إلى أن D. erecta وD. yakuba هما نوعان شقيقان. باستخدام الجينوم الكامل لكل من هذه الأنواع بالإضافة إلى أربع أنواع أخرى تم تسلسلها بالكامل في تحت جنس Sophophora، بدأنا في التحقيق في وضع D. erecta وD. yakuba في مجموعة الأنواع D. melanogaster وفهم سبب عدم التوافق في الماضي. على الرغم من أننا نجد أن المجموعة النسبية التي تجمع بين D. erecta وD. yakuba هي الأكثر دعمًا، فإننا نجد أيضًا عدم توافق واسع النطاق في التغيرات النوكليوتيدية والأحماض الأمينية، والإدخالات والحذف، وأشجار الجينات. الوقت المقدر الذي يغطي حدثي النوع الرئيسيين قصير بما يكفي أنه وفقًا لنموذج الاتصال، يمكن أن يكون عدم التوافق نتيجة لفرز السلالات غير المكتمل. متسقًا مع فرضية فرز السلالات، كانت التغيرات التي تدعم نفس الشجرة متجمعة مكانيًا. وُجد أن الدعم للأشجار المختلفة مرتبط بالهندسة الجينية بحيث تدعم الجينات المتجاورة نفس الشجرة في كثير من الأحيان في مناطق ذات إعادة تجميع منخفضة وتكون التغيرات التي تدعم نفس الشجرة أكثر تركيزًا تقريبًا بنفس المقياس كما هو الحال مع عدم التوازن الارتباطي، مما يتفق أيضًا مع فرز السلالات. وُجد أن عدم التوافق ذو دلالة إحصائية وقوي بالنسبة لاختيار النموذج والأنواع. لم يتم العثور على أي انحيازات منهجية. نستنتج أن عدم التوافق النسبية في مجمع الأنواع D. melanogaster هو نتيجة، على الأقل جزئيًا، لفرز السلالات غير المكتمل. من المرجح أن يؤدي فرز السلالات غير المكتمل إلى عدم توافق نسبي في العديد من مجموعات البيانات الجينومية المقارنة. ستكون الطرق لاستنتاج شجرة الأنواع الصحيحة، وتاريخ كل قاعدة في الجينوم، والأساليب المقارنة التي تتحكم في هذه المعلومات و/أو تستخدمها تقدمًا قيمًا في مجال الجينوميات المقارنة.
دراسة بولارد وآخرون (الأربعاء) هذا السؤال.