Key points are not available for this paper at this time.
تفاعل البروتين والببتيد أمر حاسم للعديد من العمليات الخلوية. من الصعب تحديد هذا التفاعل من خلال التجارب حيث أن الببتيدات غالبًا ما تكون مرنة جدًا في هيكلها. يمكن أن يسهل التنبؤ الدقيق بمواقع ارتباط الببتيد القائم على التسلسل دراسة هذا التفاعل. في هذا العمل، طورنا طريقتين جديدتين قائمتي على التسلسل هما SVMpep وPepBind لتحديد مواقع ارتباط الببتيد. تظهر الدراسات الحديثة أن ارتباط البروتين والببتيد مرتبط ارتباطًا وثيقًا بالاضطراب الداخلي. لذلك، قمنا بإدخال الاضطراب الداخلي في تصميم ميزاتنا وطورنا الطريقة الأولية SVMpep. تظهر التجارب أن الاضطراب الداخلي يسهم في تحسين بنسبة 1.2-5.2% في المساحة تحت منحنى التشغيل مثل المنحنى (AUC). مقارنة بالطريقة الحديثة القائمة على التسلسل SPRINT-Seq تكشف أن SVMpep يحسن AUC ومعامل ارتباط ماثيو (MCC) بنسبة لا تقل عن 7.7% و70% على التوالي. بالإضافة إلى ذلك، من خلال دمج SVMpep مع طريقتين قائمتين على القالب هما S-SITE وTM-SITE، اقترحنا بعد ذلك الطريقة القائمة على الإجماع PepBind. بشكل ملحوظ، مقارنة بالطريقة الأحدث القائمة على الهيكل SPRINT-Str، تحسن PepBind AUC وMCC بنسبة 1.7% و28.3% على التوالي، على نفس مجموعة الاختبار المستقلة من SPRINT-Str. يُنسب نجاح PepBind إلى تحسين التنبؤ للطريقة الأولية SVMpep من خلال إدخال الاضطراب الداخلي والتنبؤ بالاجماع من خلال دمج ثلاث طرق تكاملية. يتوفر خادم ويب ينفذ الطرق المقترحة مجانًا على http://yanglab.nankai.edu.cn/PepBind/.
درس تشاو وآخرون (الثلاثاء) هذا السؤال.