Key points are not available for this paper at this time.
تعد قطع RNA الناقلة (tRFs) فئة راسخة من الجزيئات التنظيمية الهيكلية التي تنشأ من tRNAs السلفية والناضجة. لقد سهلت تسلسل RNA العميق (RNA-seq) بشكل كبير دراسة tRFs. ومع ذلك، تتطلب طبيعة تكرار قوالب tRNA وخصوصيات تسلسلات tRNA تطوير واستخدام منهجيات تختلف بشكل ملحوظ عن تلك المستخدمة لتحليل بيانات RNA-seq عند دراسة microRNAs (miRNAs) أو الرسائل RNA (mRNAs). هنا نقدم MINTmap (لخرائط TRF الميتوكوندرية والنووية)، وهي طريقة وحزمة برامج تم تطويرها خصيصًا لتحديد tRFs بسرعة وبشكل حتمي وشامل في مجموعات بيانات RNA-seq القصيرة. بالإضافة إلى تحديدها، يمكن لـ MINTmap حساب وتقرير كل من الأنواع الخام والمعدلة من abundances لـ tRFs المكتشفة بوضوح. علاوة على ذلك، ولضمان الخصوصية، يحدد MINTmap مجموعة tRFs المكتشفة التي قد تنشأ خارج مساحة tRNA ويشير إليها كمرشحين إيجابيين زائفين. تُظهر تحليلاتنا المقارنة أن MINTmap يتمتع بحساسية وخصوصية تفوق الطرق المتاحة الأخرى بينما يكون سريعًا بشكل استثنائي. تتوفر أكواد MINTmap من خلال https://github.com/TJU-CMC-Org/MINTmap/ بموجب ترخيص GNU GPL v3.0 مفتوح المصدر.
درس لوهر وآخرون (الثلاثاء) هذا السؤال.