Key points are not available for this paper at this time.
يعد تسلسل الجين 16S الرابوزومي RNA بطريقة عالية الإنتاجية وسيلة فعالة من حيث التكلفة لتوصيف المجتمعات البكتيرية الفموية. ومع ذلك، قبل الشروع في دراسات واسعة النطاق، من الضروري فهم القيود المرتبطة بالتقنية والتباين الجوهري للإيكولوجيا الفموية. في هذا العمل، قمنا بتقييم التحيز في تمثيل الأنواع باستخدام مجتمع وهمي مُجمع في المختبر من البكتيريا الفموية. ثم قمنا بتوصيف المجتمعات البكتيرية في اللعاب والغشاء المخاطي الفموي لخمس مواضيع أصحاء للتحقق من قوة التسلسل عالي الإنتاجية في الكشف عن تنوعها وأنماطها البيئية. أظهر تحليل المجتمع الوهمي تحيزات في البدء وعزل الحمض النووي وتقديرات مفرطة للتنوع تم تقليلها بعد القضاء على وحدات التصنيف التشغيلية المفردة (OTUs). كشفت تسلسل المجتمعات اللعابية والمخاطية عن إجمالي 455 وحدة تصنيف تشغيلية (0.3% تباين) مع وجود 78 منها فقط في جميع المواضيع. نحن نوضح أن هذا التباين كان جزئيًا نتيجة تغطية غنية غير كاملة حتى في أعماق تسلسل كبيرة، لذا كان مقارنة المجتمعات حسب هيكلها أكثر فعالية من المقارنات القائمة فقط على العضوية. فيما يتعلق بالأحياء الفموية، وجدنا أن تباين هيكل المجتمع بين المواضيع كان أقل من اختلافات الموقع بين المجتمعات اللعابية والمخاطية داخل المواضيع. كانت هذه الاختلافات واضحة عند أعماق تسلسل منخفضة جدًا، وكانت ناتجة في الغالب عن وفرة Streptococcus mitis وGemella haemolysans في المخاط. باختصار، نقدم إطار عمل تجريبي وتحليلي للبيانات سيسهل تصميم وتفسير الدراسات المعتمدة على عملية تسلسل الحمض النووي. على الرغم من التحديات المرتبطة بهذه التقنية، نوضح قدرتها على تقييم أنماط التنوع البيولوجي والأحياء الفموية.
دراسة دياز وآخرون (سبت) لهذا السؤال.