Key points are not available for this paper at this time.
يعتبر البحث عن التطابق أداة رئيسية لفهم الدور والهيكل والوظيفة الكيميائية الحيوية لتسلسلات الجينوم. التقنية الأكثر شعبية للبحث السريع عن التطابق هي BLAST، والتي كانت تُستخدم على نطاق واسع داخل الجامعات ومراكز البحث والشركات التجارية منذ أوائل التسعينيات. في هذه الورقة، نقترح خطوة جديدة في خوارزمية BLAST لتقليل تكلفة الحساب عند البحث مع تأثير ضئيل على الدقة. هذه الخطوة الجديدة - المحاذاة شبه المتقطعة - تحقق توازنًا بين كفاءة المحاذاة غير المتقطعة ودقة المحاذاة المتقطعة، مما يسمح لـ BLAST بفلترة التسلسلات بدقة مع انخفاض تكلفة حسابية. بالإضافة إلى ذلك، نقترح محاذاة إدراج مقيدة بشكل هيوريستيكي - تتجنب المسارات التطورية غير المحتملة بهدف تقليل تكلفة المحاذاة المتقطعة مع تأثير ضئيل على الدقة. معًا، وبعد تضمين تحسين تكرار المحاذاة المحلية، تزيد تقنيتانّا أكثر من ضعف سرعة مراحل المحاذاة المتقطعة في BLAST. نستنتج أن تقنياتنا تمثل تحسينًا مهمًا لخوارزمية BLAST. الشيفرة المصدرية لخوارزميات المحاذاة متاحة للتنزيل على http://www.bsg.rmit.edu.au/iga/.
درس كاميرون وزملاؤه (الخميس) هذا السؤال.