استنتاج الشجرة لبيانات الخلايا المفردة

فهم التباين الطفري داخل الأورام هو حجر الزاوية لتطوير علاجات فعالة لمرض السرطان. هنا، نقدم SCITE، وهو خوارزمية بحث عشوائي لتحديد التاريخ التطوري للورم من ملفات الطفرات غير المكتملة والصاخبة للخلايا المفردة. يتضمن SCITE نظام أخذ عينات مرن باستخدام سلسلة ماركوف مونت كارلو يسمح للمستخدم بحساب تاريخ الطفرات بأقصى احتمال، وأخذ عينات من توزيع الاحتمالية الخلفية، وتقدير معدلات الخطأ للتجارب التسلسلية الأساسية. يظهر التقييم على بيانات السرطان الحقيقية والدراسات المحاكاة قابلية توسيع SCITE لبيانات التسلسل الخلوي المفرد المعاصرة ودقة إعادة البناء المحسنة مقارنةً بالأساليب الحالية.