Key points are not available for this paper at this time.
الخلفية: BLAST هو حزمة برامج مستخدمة عادة لمقارنة تسلسل استعلام مع قاعدة بيانات من التسلسلات المعروفة؛ في هذه الدراسة، نركز على تسلسلات البروتين. يقوم BLAST المتكرر المحدد للموضع (PSI-BLAST) بالبحث بشكل متكرر في قاعدة بيانات تسلسلات البروتين، مستخدمًا التطابقات في الجولة i لبناء مصفوفة درجات محددة للموضع (PSSM) للبحث في قاعدة البيانات في الجولة i + 1. طور بيجرت وسودين BLAST الحساس للسياق (CS-BLAST)، الذي يجمع المعلومات من البحث في قاعدة بيانات التسلسل مع المعلومات المشتقة من مكتبة من ملفات تعريف البروتين القصيرة لتحقيق الكشف عن التشابه بشكل أفضل من PSI-BLAST، الذي يبني PSSMs الخاصة به من الصفر. النتائج: نصف طريقة جديدة، تُسمى BLAST المعزز للموضع بتوقيت متسارع (DELTA-BLAST)، التي تبحث في قاعدة بيانات من PSSMs المُعدّة مسبقًا قبل البحث في قاعدة بيانات تسلسل البروتين، لتوفير كشف أفضل عن التشابه. تستخدم DELTA-BLAST مجموعة فرعية من قاعدة بيانات المجالات المحفوظة (CDD) الخاصة بـ NCBI لـ PSSMs الخاصة بها. على مجموعة اختبار مشتقة من ASTRAL، مع جولة واحدة من البحث، تحقق DELTA-BLAST ROC5000 بمعدل 0.270 مقابل 0.116 لـ CS-BLAST. يتناقص ميزة الأداء في عمليات البحث المتعاقبة، لكن DELTA-BLAST تواصل تحقيق درجات ROC أفضل من CS-BLAST. الاستنتاجات: DELTA-BLAST هو برنامج مفيد لاكتشاف النظائر البعيدة للبروتين. إنه متوفر تحت رابط "Protein BLAST" على http://blast.ncbi.nlm.nih.gov.
درس بوراتين وآخرون (سون) هذا السؤال.