النمذجة الحسابية للتغيرات في طاقات الربط الحرة عند الطفرة (واجهة ΔΔ G) تتيح التنبؤ على نطاق واسع والتأثير على التفاعلات بين البروتينات. بالإضافة إلى ذلك، يجب أن تكون الطرق التي تأخذ في الاعتبار وتقوم بأخذ عينات من المرونة الشكلية ذات الصلة قادرة على تحقيق دقة أكبر في التنبؤ مقارنة بالطرق التي لا تفعل ذلك. لاختبار هذه الفرضية، طورنا طريقة داخل مجموعة نمذجة الجزيئات الكبيرة Rosetta (flex ddG) التي تأخذ عينات من التنوع الشكلاني باستخدام "backrub" لإنشاء مجموعة من النماذج ثم تطبق تقليل الالتواء وإعادة تجميع السلسلة الجانبية ومتوسطات عبر هذه المجموعة لتقدير قيم ΔΔ G في الواجهة. اختبرنا طريقتنا على مجموعة مرجعية منتقاة من 1240 طفرة، ووجدنا أن الطريقة تفوقت على الطرق الحالية التي أخذت عينات من الفضاء الشكلاني بدرجة أقل. لاحظنا تحسينات كبيرة مع flex ddG على الطرق الحالية في مجموعة الطفرات من السلسلة الجانبية الصغيرة إلى السلسلة الجانبية الكبيرة، وكذلك للطفرات غير الألانينية المتعددة المتزامنة، والطفرات المثبتة، والطفرات في واجهات الأجسام المضادة-antigen. أخيرًا، طبقنا نهج نموذج جمع عام (GAM) على دالة الطاقة في Rosetta؛ ونموذج إعادة الوزن غير الخطي الناتج حسن من التوافق مع قيم ΔΔ G التجريبية ولكنه أضاء أيضًا على ضرورة تحسينات مستقبلية في دالة الطاقة.
بارلو وآخرون (Mon,) درسوا هذا السؤال.