December 13, 2013PLoS ONE177 citationsOpen Access
تصحيح: PathogenFinder - التمييز بين الصديق والعدو باستخدام بيانات تسلسل الجينوم البكتيري الكامل
Key Points
Key points are not available for this paper at this time.
Abstract
على الرغم من أن معظم البكتيريا غير ضارة أو حتى مفيدة لمضيفها، إلا أن البعض منها شديد الفوعة ويمكن أن يسبب أمراضًا خطيرة، وحتى الوفاة. نظرًا لانخفاض تكلفة التسلسل عالي الإنتاجية بشكل متزايد، هناك الآن العديد من الجينومات التي تمت تسلسها بالكامل من سلالات مرضية بشرية وأخرى غير ضارة. يمكن استخدام البيانات لتحديد عائلات الجينات التي ترتبط بالفوعة ولتطوير أدوات للتنبؤ بفوعة السلالات التي تم تسلسلها حديثًا، وهي أبحاث كانت تتم سابقًا بشكل أساسي من خلال طرق تجريبية أكثر تكلفة واستغراقًا للوقت. نحن نصف PathogenFinder (http://cge.cbs.dtu.dk/services/PathogenFinder/)، وهو خادم ويب لتنبؤ فوعة البكتيريا من خلال تحليل البروتيوم المدخل أو الجينوم أو القراءات الخام المقدمة من قبل المستخدم. تعتمد الطريقة على مجموعات من البروتينات، تم إنشاؤها دون اعتبار لوظيفتها المعلنة أو مشاركتها المعروفة في الفوعة. تم بناء هذه الطريقة لتعمل مع جميع المجموعات التصنيفية للبكتيريا، ومن خلال استخدام مجموعة التدريب الكاملة، حققت دقة بلغت 88.6% في مجموعة اختبار مستقلة، من خلال تصنيف 398 من أصل 449 بكتيريا تم تسلسلها بالكامل بشكل صحيح. النهج المقترح هنا غير متحيز نحو مجموعات الجينات المعروفة بارتباطها بالفوعة، وبالتالي يمكن أن يساعد النهج في اكتشاف عوامل فوعة جديدة. علاوة على ذلك، يمكن استخدام خادم الويب للتنبؤ بالفوعة لعزل الخصائص الفموية المحتملة لكل من السلالات المعروفة وغير المعروفة.