Key points are not available for this paper at this time.
الخلفية: المجتمعات الميكروبية المعقدة هي مجال من الاهتمام المتزايد في البيولوجيا. يسمح تحليل المتراجم للباحثين بكمية التعبير الجيني الميكروبي في عينة بيئية من خلال التسلسل عالي الإنتاجية. التجارب المتعلقة بالمتراجم مكثفة حسابيًا لأن التجارب تنتج كمية كبيرة من بيانات التسلسل ويجب مقارنة كل تسلسل مع تسلسلات مرجعية من آلاف الكائنات الحية. النتائج: SAMSA2 هو ترقية لخط أنابيب Simple Annotation of Metatranscriptomes by Sequence Analysis (SAMSA) الأصلي الذي تم إعادة تصميمه للاستخدام المستقل على مجموعة حوسبة فائقة. SAMSA2 أسرع بفضل استخدام موائم DIAMOND، وأكثر مرونة وقابلية للتكرار لأنه يستخدم قواعد بيانات محلية. SAMSA2 متاح مع وثائق مفصلة، وملفات إدخال وإخراج نموذجية جنبًا إلى جنب مع أمثلة من نصوص رئيسية لتنفيذ كامل لخط الأنابيب. الاستنتاجات: SAMSA2 هو خط أنابيب سريع وفعال لتحليل مجموعات بيانات RNA-seq الكبيرة في بيئة مجموعة الحوسبة الفائقة. يقدم SAMSA2 مخرجات مبسطة يمكن فحصها مباشرة أو استخدامها لمزيد من التحليلات، ويمكن ترقية قواعد بياناته المرجعية أو تعديلها أو تخصيصها لتناسب احتياجات أي تجربة.
درس ويستراش وزملاؤه (Mon,) هذا السؤال.