Key points are not available for this paper at this time.
تم إجراء حسابات نموذجية لتقييم فائدة الديناميات الجزيئية مع قيود المسافة بين البروتونات باستخدام الرنين النووي المغناطيسي لتحديد الهيكل ثلاثي الأبعاد للبروتينات. النظام المستخدم لاختبار الطريقة هو الهيكل البلوري بدقة 1.5-Å للكرامبين (بروتين مكون من 46 حمض أميني) والذي يتم الحصول منه على مجموعة من 240 مسافة تقريبية بين البروتونات تقل عن 4 Å. يتم فحص خصائص التقارب للطريقة باستخدام بروتوكولات ديناميكية مختلفة والانطلاق من هيكلين ابتدائيين؛ أحدهما هو خيط بيتا ممدود بالكامل، والآخر يحتوي على الحموض الأمينية من 7 إلى 19 ومن 23 إلى 30 في شكل حلزونات ألفا (كما في الهيكل البلوري) مع الحموض المتبقية في شكل خيوط بيتا ممدودة. في كلا الحالتين يتم تحقيق التقارب العام والمحلي إلى الهيكل النهائي الصحيح مع اختلافات ذرية جذرية متوسطة بين الهياكل الديناميكية المقيدة والهيكل البلوري تتراوح بين 1.5-2.1 Å لذرات العمود الفقري و2.1-2.8 Å لجميع الذرات؛ المتوسط الهيكلي له انحرافات جذرية متوسطة لذرات العمود الفقري وجميع الذرات بمقدار 1.3 و1.9 Å على التوالي. علاوة على ذلك، يظهر أن الهيكل الديناميكي المقيد مع انحرافات أكبر بشكل ملحوظ (أي 5.7 Å لذرات العمود الفقري) يمكن تصنيفه على أنه غير صحيح، بغض النظر عن معرفة الهيكل البلوري.
درس بروجر وآخرون (سون) هذا السؤال.