استراتيجية عامة لتحليل التنظيم المكاني لمجمعات البروتين المتعددة من خلال الربط المتقاطع و مطيافية الكتلة

تتم معظم الوظائف الخلوية بواسطة مجمعات البروتين المتعددة. يمكن الآن تحديد هوية أعضاء هذه المجمعات من خلال مطيافية الكتلة. هنا نوضح أنه يمكن استخدام مطيافية الكتلة أيضًا لتحديد التنظيم المكاني لهذه المجمعات. في هذه الطريقة، يتم تنقية مكونات مجمع البروتين من خلال التفاعلات الجزيئية باستخدام عضو مستهدف ذو علامات تقارب ويتم ربط المجمع المنقى جزئيًا. يتم فصل المنتجات من خلال هلام الكهربة ويتم تحديد مكوناتها بواسطة مطيافية الكتلة للحصول على علاقات الجوار القريبة. في هذه الدراسة، تم وضع علامة على أحد أعضاء مجمع المسام النووية للخميرة (Nup85p) وتم ربط وتحليل مجموعة فرعية مكونة من ستة أعضاء من المسام باستخدام 1D SDS-PAGE. تم تحسين تفاعلات الربط المتقاطع من حيث العائد وعدد المنتجات. أسفر التحليل بواسطة مطيافية الكتلة MALDI عن تحديد مكونات البروتين في الأشرطة المربوطة حتى على مستوى بضع مئات من الفيمتومولات. بناءً على هذه النتائج، تم اشتقاق نموذج للتنظيم المكاني للمجمع تم دعمه لاحقًا بواسطة تجارب بيولوجية. تُظهر هذه الدراسة أن استخدام مطيافية الكتلة هو الطريقة المفضلة لتحليل تجارب الربط المتقاطع التي تهدف إلى علاقات الجوار القريبة.