Key points are not available for this paper at this time.
في الأنظمة المعقدة ذات درجات الحرية المتعددة مثل الببتيدات والبروتينات، توجد عدد هائل من الحالات الدنيا المحلية للطاقة. التجارب التقليدية في المجموعة القانونية ذات فائدة قليلة، لأنها تميل إلى أن تقع في حالات هذه الطاقة الدنيا المحلية. تتميز المحاكاة في المجموعة العامة بإجراء مشي عشوائي في فضاء الطاقة المحتملة ويمكنها التغلب على هذه الصعوبة. من خلال تشغيل واحد فقط للتجربة، يمكن الحصول على متوسطات المجموعة القانونية للكمّيات الفيزيائية كدوال لدرجة الحرارة عن طريق تقنيات إعادة الوزن للهيستوجرام الأحادي و/أو الهيستوجرامات المتعددة. في هذه المقالة، نقوم بمراجعة استخدامات خوارزميات المجموعة العامة في الأنظمة البيومولكولية. يتم وصف ثلاث طرق معروفة وهي الخوارزمية متعددة القانونية، وتخفيف المحاكاة، وطريقة تبادل النسخ أولاً. يتم تقديم كل من نسخ خوارزميات مونت كارلو والديناميكا الجزيئية. ثم نقدم ثلاث خوارزميات عامة جديدة تجمع بين مزايا الطرق المذكورة أعلاه. يتم اختبار فعالية هذه الطرق للتجارب الجزيئية في مشكلة طي البروتين باستخدام أنظمة ببتيدية قصيرة.
درس ميتسوتاكي وآخرون (مونا) هذا السؤال.