نمذجة خليط بيانات التعبير الجيني من تجارب المصفوفات الدقيقة

الملخص الدافع: التجميع الهرمي هو أحد الأدوات التحليلية الرئيسية لبيانات التعبير الجيني من تجارب المصفوفات الدقيقة. إحدى المشاكل الرئيسية في تفسير الناتج من هذه الإجراءات هي تقييم موثوقية نتائج التجميع. نتناول هذه المسألة من خلال تطوير نهج قائم على نماذج الخليط لتحليل بيانات المصفوفات الدقيقة. ضمن هذا الإطار، نقدم خوارزميات جديدة لتجميع الجينات والعينات. واحدة من المنتجات الثانوية لطريقتنا هي مقياس احتمالي لعدد الكلاسترات الحقيقية في البيانات. النتائج: يتم توضيح الطرق المقترحة من خلال تطبيقها على مجموعات بيانات المصفوفات الدقيقة من دراستين للسرطان؛ واحدة يتم فيها تحليل الميلانومة الخبيثة (Bittner et al. , Nature , 406, 536–540, 2000)، والأخرى يتم فيها تحليل سرطان البروستاتا (Dhanasekaran et al. , 2001,submitted). التوافر: يمكن الحصول على الماكرو المكتوبة بلغة R التي تنفذ الطرق الواردة في هذا التقرير على موقع المؤلف الأول: http://www.sph.umich.edu/~ghoshd/COMPBIO/mixture1/index.html. الاتصال: ghoshd@umich.edu