بصيرة في التحيزات وأخطاء التسلسل لتسلسل الأمبليك بواسطة منصة إيلومينا ميسيك

مع أطوال قراءة تصل حالياً إلى 2 × 300 bp، وارتفاع الإنتاجية وانخفاض تكاليف التسلسل، أصبحت منصة ميسيك الخاصة بإيلومينا واحدة من أكثر منصات التسلسل استخدامًا في جميع أنحاء العالم. المنصة قابلة للإدارة وميسورة التكلفة حتى للمختبرات الصغيرة. وهذا يمكّن من تحويل سريع في مجموعة واسعة من التطبيقات مثل تسلسل الجينات المستهدف، وعلم الميتاجينوم، وتسلسل الجينوم الصغير والتشخيصات الجزيئية السريرية. ومع ذلك، فإن ملفات أخطاء إيلومينا لا تزال غير مفهومة جيدًا، لذلك لم يتم تصميم البرامج لخصوصيات بيانات إيلومينا. إن معرفة أفضل بأنماط الأخطاء ضرورية لتحليل التسلسل وضرورية إذا أردنا استخلاص استنتاجات صحيحة. إن دراسة التvariation الجيني الحقيقي في عينة سكانية هو أمر أساسي لفهم الأمراض، والتطور والأصل. قمنا بإجراء دراسة كبيرة حول أنماط الأخطاء لميسيك استنادًا إلى بيانات تسلسل أمبليك 16S rRNA. اختبرنا أحدث طرق إعداد المكتبة لتسلسل الأمبليك وأظهرنا أن طريقة إعداد المكتبة واختيار البرايمرات هما المصدران الأكثر أهمية للتحيز وتسبب أنماط أخطاء مميزة. علاوة على ذلك، اختبرنا فعالية استراتيجيات تصحيح الأخطاء المختلفة وحددنا تقليم الجودة (Sickle) بالاقتران مع تصحيح الأخطاء (BayesHammer) متبوعًا بتداخل القراءات (PANDAseq) كأفضل نهج ناجح، مما خفّض متوسط معدلات أخطاء الاستبدال بنسبة 93%.