Key points are not available for this paper at this time.
الدافع: يعتبر التطور الأخير في الكشف عن التماثل عن بُعد المعتمد على التسلسل هو إدخال طرق مقارنة الملف بالملف. هذه الطرق أكثر قوة من التقنيات السابقة ويمكن أن تكشف عن علاقات تماثل محتملة تم تفويتها من قبل التصنيفات الهيكلية مثل CATH و SCOP. نظرًا لأن التصنيفات الهيكلية تعمل تقليديًا كمعيار ذهبي للتماثل، فإن هذا يشكل تحديًا في تدقيقها. النتائج: نقدم نهجًا جديدًا يسمح بتدقيق دقيق لهذه الطرق مقارنة بتصنيف CATH الهيكلي. ثم نطبق هذا النهج لتقييم دقة مجموعة من الطرق المتاحة علنًا لكشف تماثل عن بُعد بما في ذلك عدة طرق من نوع الملف بالملف (COMPASS، HHSearch، PRC) من وجهتين. أولاً، في تمييز المجالات المتماثلة عن غير المتماثلة، وثانيًا، في تحديد البروتينات مع عائلات المجالات الهيكلية. يُظهر PRC أنه أفضل طريقة لتمييز المتماثلات. نوضح أن SAM هو أفضل طريقة عملية لتحديد الجينومات، بينما استخدام COMPASS لأكثر المتماثلات انبعادًا سيزيد التغطية. أخيرًا، نقدم نهجًا بسيطًا لزيادة حساسية الكشف عن المتماثلات عن بُعد بنسبة تصل إلى 10%. يتم تحقيق ذلك من خلال دمج طرق متعددة مع تصويت لجنة. المعلومات التكميلية: البيانات التكميلية متاحة على Bioinformatics على الإنترنت.
درس رايد وآخرون (الثلاثاء) هذا السؤال.