إرشادات لتوقعات طوبولوجيا بروتينات الغشاء الألفا الحلزونية على مستوى البروتوم

لقد تم الإبلاغ عن أن توقع الطوبولوجيا الصحيحة لبروتينات الغشاء باستخدام أحدث الأساليب الحالية يتجاوز 80%. ومع ذلك، لوحظت هذه الأداء فقط في مجموعات بيانات صغيرة ومحتمَل انحيازها تم الحصول عليها من هياكل البروتين أو الاختبارات الكيميائية الحيوية. هنا، نختبر عددًا من أدوات توقع الطوبولوجيا على مجموعة من البروتينات "غير المرئية" ذات الهيكل المعروف وأيضًا على أربعة مجموعات بيانات "على نطاق الجينوم"، بما في ذلك مجموعة حديثة كبيرة من بروتينات الغشاء البشرية التي تم التحقق منها تجريبياً والتي تحتوي على مواقع جليكان. كما تم استخدام مجموعة البروتينات الجليكانية لفحص قدرة طرق التوقع على فصل بروتينات الغشاء عن البروتينات غير الغشائية. تظهر النتائج أن الطرق التي تستخدم محاذاة تسلسلات متعددة تتفوق بشكل عام على الطرق التي لا تفعل ذلك. أفضل أداء تم الحصول عليه من قبل TOPCONS، وهي طريقة توافق تجمع بين عدة طرق توقع أخرى. أفضل الطرق لتمييز بروتينات الغشاء عن البروتينات غير الغشائية تنتمي إلى مجموعة "Phobius" من أدوات التوقع. نلاحظ أيضًا أن الدقة العالية المبلغ عنها في مجموعات القياس الأصغر لم تُحافظ بشكل جيد في معايير قياس أكبر. بدلاً من ذلك، نقدر أداء أفضل طرق التوقع للبروتينات غشائية النواة ليكون بين 60% و70%. إن الانخفاض في التوافق بين التوقعات من طرق مختلفة يشكك في التقديرات السابقة حول الخصائص العالمية للبروتينات الغشائية. أخيرًا، نقترح خط أنابيب لتقدير هذه الخصائص باستخدام مجموعة من أفضل أدوات التوقع التي يمكن تطبيقها في دراسات البروتيوميات على نطاق واسع لبروتينات الغشاء.