استنتاج الأنشطة التنظيمية للقطع من خلال تحليل الجوار التسلسلي

التعرف المحدد بالتسلسل على الأشكال النووية هو أمر حاسم للعديد من العمليات الخلوية. لقد طورنا طريقة جديدة وعامة تسمى استنتاج الجوار (NI) التي تتنبأ بالتسلسلات ذات النشاط في تنظيم عملية كيميائية حيوية بناءً على الكثافة المحلية لمواقع معروفة في فضاء التسلسل. عندما تم تطبيقها على مشكلة تنظيم قطع RNA، تم استخدام NI للتنبؤ بالمئات من مثيرات القص (ESE) والمثبطات (ESS) الثمانية النوكليوتيد المعروفة من ESEs وESSs البشرية المعروفة. تم دعم هذه التنبؤات من خلال تحليل التحقق المتقاطع، ومن خلال تحليل بيانات النشاط التنظيمي المنشورة عن القطع، ومن خلال تحليل الحفاظ على التسلسل، ومن خلال قياس النشاط التنظيمي القطعي لـ 24 ESEs وESSs و تسلسلات حيادية متنبأ بها حديثًا باستخدام اختبار تقارير القطع في الكائن الحي. هذه النتائج توضح قدرة NI على التنبؤ بدقة بنشاط التنظيم القطعي وتظهر أن نطاق عناصر التنظيم القطعي الخارجية أكبر بكثير مما تم توقعه سابقًا. أظهر تحليل الإكسونات الشبيهة في أربعة ثدييات أن درجة NI لـ ESEs، وهي مقياس للوظيفة، محفوظة بشكل أكبر بكثير فوق الخلفية مقارنة بالتسلسل الأساسي لـ ESE. هذه الملاحظة تشير إلى درجة عالية من الاختيار لنشاط ESE في الإكسونات الثديية، مع تكرار مدهش في إمكانية التبادل بين تسلسلات ESE.