توصيف نمط المعالجة الطرفية N لروابط MHC class I

معظم روابط الببتيد المقدمة بواسطة جزيئات MHC class I هي نتاج مسار داخلي يتضمن تحطيم البروتين في السيتوسول، والنقل إلى الشبكة الإندوبلازمية، وأحداث تقليم متتالية طرفية N. تعتمد كفاءة كل من هذه العمليات على تسلسل الأحماض الأمينية للرابطة المقدمة وسوابقها. وبالتالي، فإن ربط التركيب الأحماض الأمينية في الطرفية N للروابط المقدمة بتحديد تسلسل العمليات في المسار يوفر نظرة ثاقبة على استخدام سوابق الروابط داخل الجسم. من خلال فحص التركيب الأحماض الأمينية upstream للنهاية الحقيقية N لروابط MHC class I، نثبت وجود نمط مميز للمعالجة الطرفية N يتكون من حوالي سبع بقايا ويتطابق مع التفضيلات المعروفة للبروتيازوم وTAP، وهما لاعبوان رئيسيان في معالجة الروابط. علاوة على ذلك، نجد أن بعض البقايا التي يفضلها كل من TAP والبروتيازوم، تكون ناقصة بشكل ملحوظ في المواضع التي تسبق مباشرة النهاية الطرفية N لروابط MHC class I. استنادًا إلى الأنشطة المقررة تجريبيًا للأمينوببتيداز، تشير هذه النمط إلى أن التقليم بالقرب من النهاية الطرفية N النهائية يحدث بشكل أساسي في الشبكة الإندوبلازمية.