Key points are not available for this paper at this time.
إن التعرف على الحويصلات بواسطة معقد التوافق النسيجي الرئيس II (MHC-II) ضروري لتفعيل الاستجابات المناعية ضد الأمراض المعدية. لقد أظهرت عدة دراسات أن هذا الحدث الجزيئي يحدث في فتحة ربط الببتيد لمركب MHC-II التي تتكون من السلاسل الخفيفة α و β للـ heterodimer. تحتوي فتحة ربط الببتيد لمركب MHC-II على عدة جيوب (P1-P11) متورطة في التعرف على الببتيد واستقرار المركب، والتي تم فحصها من خلال التجارب البلورية وحسابات in silico. ومع ذلك، تم إجراء معظم هذه الحسابات النظرية دون أخذ السلاسل الثقيلة بعين الاعتبار، مما قد يؤدي إلى معلومات مضللة حول الحركة الشكلية سواء في الماء أو في بيئة الغشاء. لذلك، في غياب المعلومات الهيكلية حول الفرق في التغييرات الشكلية بين الحالات الخالية من الببتيد والمربوطة بالببتيد (pMHC-II) عندما يكون النظام قابلًا للذوبان في بيئة مائية أو مرتبطًا بشكل غير تساهمي بغشاء خلية، كما هو الحال في البيئة الفسيولوجية لـ MHC-II. في هذه الدراسة، نستكشف الأساس الميكانيكي لهذه المكونات من MHC-II باستخدام محاكيات الديناميكا الجزيئية (MD) حيث تم تجميع الـ MHC-II مسبقًا مع حويصلة صغيرة (P7) أو مرتبطة بواسطة إجراءات التثبيط بحويصلة كبيرة (P22). تم إجراء محاكيات MD هذه عند 310 كلفن على مدى 100 نانوثانية للأنواع القابلة للذوبان (MHC-IIw وMHC-II-P(7w) وMHC-II-P(22w)) و150 نانوثانية للأنواع المثبتة على الغشاء (MHC-IIm وMHC-II-P(7m) وMHC-II-P(22m)). تكشف نتائجنا أنه على الرغم من الأحجام المختلفة للحويصلات وظروف محاكاة الديناميكا الجزيئية، فإن كلا الببتيدين مستقران بشكل أساسي بواسطة الرواسب التي تحدد P1 وP4 وP6-7، وتمت ملاحظة طاقات غير تساهمية بين الجزيئات مماثلة للمركبات القابلة للذوبان والمثبتة على الغشاء. ومع ذلك، كانت هناك اختلافات ملحوظة في الحركة الشكلية والطاقة الداخلية عند تشكيل المركب، مما أدى إلى بعض الاختلافات فيما يتعلق بطريقة استقرار الببتيدين في فتحة ربط الببتيد.
درس بيلو وآخرون (Mon,) هذا السؤال.