مقاومة المضادات الحيوية وتسلسل الجينوم الكامل لأنماط تسلسل جديدة من Enterococcus faecalis وEnterococcus faecium وEnterococcus durans المعزولة من المواشي

تمثل ظهور Enterococcus faecalis المرتبطة بالمواشي والمقاومة للمضادات الحيوية قلقًا للصحة العامة. هنا، نبلغ عن العزل، والكشف الجزيئي عن الفوعة وعوامل مقاومة المضادات الحيوية، بالإضافة إلى التحليلات النشوء والتطور لـ 20 نوعًا من Enterococcus باستخدام تحليل تسلسل الجينوم الكامل لـ 15 سلالة من Enterococcus faecalis تضم ست سلالات من ثلاثة أنماط تسلسل جديدة، وثلاث سلالات من Enterococcus faecium وسلالتين من Enterococcus durans. تم عزل جميع السلالات من حيوانات سلسلة الغذاء في جنوب إفريقيا. تم عزل سلالات Enterococcus على أجار البيل أيسكلين أزيد، تليها الهوية باستخدام تحليل MALDI-TOF MS. تم إجراء اختبار حساسية المضادات الحيوية باستخدام طريقة انتشار القرص من كيربي-باور. تم استخراج الحمض النووي الجيني للعزلات وتم إجراء التسلسل باستخدام منصة Illumina MiSeq. تم تقليم قراءات التسلسل وتجميعها de novo. تم تحليل الكتل المجمعة للبحث عن جينات مقاومة المضادات الحيوية والطفرات الكروموسومية، والبلازميدات خارج الكروموسومات، ونمط تسلسل متعدد المواقع (MLST). تم التعرف على جينات مقاومة المضادات الحيوية متعددة الأدوية التي تمنح المقاومة للأمينوغليكوزيدات (ant(6)-Ia، aph(3')-IIIa، sat4، وspw)، واللينكوزاميدات (lnu(B)، lsa(A)، وlsa(E))، والماكروليدات (erm(B))، والترى ميثوبريم (dfrG) والتتراسيكلينات (tet(L) وtet(M)). تم اكتشاف النسخ المتماثلة للبلازميدات في سبع عزلات من E. faecalis وثلاث من E. faecium. تم تحديد نوع التسلسل (ST) لكل عزلة باستخدام قاعدة بيانات Enterococcus PubMLST. تم تحديد عشرة أنواع تسلسل في المجموعة، ثلاثة منها (ST1240، ST1241، وST1242) لم يتم الإبلاغ عنها سابقًا وتُوصف في هذه الدراسة للمرة الأولى. لمقارنة السلالات المتسلسلة بسلالات E. faecalis الموصوفة مسبقاً، تم تنزيل تسلسلات E. faecalis من المواشي من قاعدة بيانات PubMLST. تم إجراء تحليل النشوء والتطور القائم على الجينوم الأساسي باستخدام ParSNP. يبرز اكتشاف مقاومة الأدوية المتعددة في Enterococcus بما في ذلك E. faecalis وE. faecium أهمية المراقبة الجينومية لمراقبة انتشار مقاومة المضادات الحيوية في حيوانات سلسلة الغذاء. بالإضافة إلى ذلك، ستعمل تسلسلات الجينوم لسلالات Enterococcus التي تم الإبلاغ عنها في هذه الدراسة كنقطة مرجعية لدراسات الوبائيات الجزيئية المستقبلية عن E. faecalis المرتبط بالمواشي والمقاوم للمضادات الحيوية في إفريقيا. بالإضافة إلى ذلك، تمكّن هذه الدراسة التحليل المتعمق لبنية الجينوم لـ E. faecalis، وتوفر معلومات قيمة عن مقاومة المضادات الحيوية الظاهرية والجزيئية، وعلم الأمراض لـ E. faecalis وE. faecium المرتبطة بالمواشي.