محاكاة ديناميكا جزيئية لقناة الجرماسيدين في طبقة مزدوجة من الفوسفوليبيد.

تم إنشاء محاكاة ديناميكا جزيئية لقناة الجرماسيدين A في طبقة مزدوجة صريحة من دايميرستويل فوسفاتيديل كولين لدراسة تفاصيل تفاعلات البروتينات والدهون على المستوى المجهري. تتوافق خصائص NMR في الحالة الصلبة للقناة التي تم متوسطها على مدى 500 بيكو ثانية مع البيانات التجريبية المتاحة بشكل ممتاز. على عكس افتراضات النماذج الكبيرة، يُكتشف أن منطقة واجهة الغشاء/المحلول لا تقل عن 12 أنغستروم في السمك. يُكتشف أن سلاسل التريبتوفان الجانبية، الموجودة في الواجهة، تشكل روابط هيدروجينية مع مجموعات الكربونيل الاستيرية للدهون ومع الماء، مما يشير إلى مساهمتها المهمة في استقرار بروتينات الغشاء. تتراوح تفاعلات الدهون والبروتينات الفردية ما بين 0 إلى -50 كيلو كالوري/مول. التوافقات الأكثر تفاعلاً تدوم لفترة قصيرة ولها مساهمة متساوية تقريبًا من الطاقة المستمدة من فان دير فالس والطاقة الكهربائية. ينبغي أن تساعد هذه الطريقة في إجراء محاكاة ديناميكا جزيئية لبروتينات الغشاء في طبقات مزدوجة من الفوسفوليبيد على دراسة الهيكل والديناميات والطاقة لتفاعلات الدهون والبروتينات.