Key points are not available for this paper at this time.
تصف هذه المقالة ظاهرة غير متوقعة حدثت خلال محاكيات الديناميكا الجزيئية: إعادة قياس السرعة باستخدام بروتوكولات قياسية يمكن أن تغير بشكل منهجي نسبة الطاقة الحركية الإجمالية الموجودة في الحركات المرتبطة بمختلف درجات الحرية. في ظل هذه الظروف، تنتهك المحاكاة مبدأ توزيع الطاقة المتساوي، الذي يتطلب متوسط طاقة حركية يعادل RT/2 في كل درجة من درجات الحرية. تحدث شكل مرضي بشكل خاص من هذه المشكلة إذا لم يتم إزالة الحركة الانتقالية الصافية (والدوران حول) مركز الكتلة بشكل دوري. في هذه الحالة، يتم تحويل تقريبًا كل الطاقة الحركية إلى هذين النوعين من الحركة، مما ينتج عنه نظام به تقريبًا لا توجد طاقة حركية مرتبطة بالدرجات الداخلية من الحرية. نسمي هذه الظاهرة "مكعب الثلج الطائر." نقدم تحليلًا رياضيًا لنظام ثنائي الذرة بسيط له درجتين من الحرية، لتوثيق أصل المشكلة. ثم نقدم أمثلة من ثلاثة أنواع من محاكيات الديناميكا الجزيئية، واحدة منها عبارة عن محاكاة في الفراغ على نظام ثنائي الذرة، واحدة تشمل نموذج دنا منخفض الدقة في الفراغ، والثالثة باستخدام نموذج دنا تقليدي شامل الجزيئات مع الترطيب الكامل، وظروف الحدود الدورية، وطريقة شبكة الجسيمات إيوالد لعلاج الكهرباء الساكنة بعيدة المدى. أخيرًا، نناقش طرقًا لتجنب المشكلة. © 1998 جون وايلي وأولاده، إنك. J Comput Chem 19: 726–740، 1998
درس هارفي وآخرون (الجمعة) هذا السؤال.