Key points are not available for this paper at this time.
تتم ترجمة تسلسلات DNA إلى تسلسلات ترميز البروتين ثم تُخصص بشكل أكبر إلى عائلات البروتين في التحليلات الميتاجينية، بسبب الحاجة إلى الحساسية. ومع ذلك، فإن الكميات الهائلة من بيانات التسلسل تخلق المشكلة المتمثلة في أنه حتى التحليلات العامة للبحث عن التشابه باستخدام BLASTX تصبح صعبة من حيث التكلفة الحاسوبية. لقد صممنا خوارزمية جديدة للبحث عن التشابه تحدد تسلسلات البذور بناءً على مصفوفات اللاحقة لاستعلام وقاعدة بيانات، وقد قمنا بتنفيذها كـ GHOSTX. حقق GHOSTX تسريعًا يبلغ حوالي 131-165 مرة مقارنةً ببحث BLASTX بمستويات حساسية مماثلة. يتم توزيع GHOSTX بموجب ترخيص BSD 2-clause وهو متاح للتنزيل على http://www.bi.cs.titech.ac.jp/ghostx/. حاليًا، تستمر تقنية التس Sequencing في التحسن، كما أن أجهزة التس Sequencing تنتج بشكل متزايد كميات أكبر وأكبر من البيانات. هذه الانفجار في بيانات التسلسلات يجعل التحليل الحاسوبي باستخدام الأدوات المعاصرة أكثر صعوبة. نقدم هذه الأداة كحل محتمل لهذه المشكلة.
دراسة سوزوكي وآخرون (الأربعاء) هذا السؤال.