كفاءة البحث في قواعد البيانات لتحديد البروتينات المتحولة والمعدلة من خلال مطيافية الكتلة

على الرغم من أن تحديد البروتينات من خلال مطابقة طيف الكتلة المتسلسلة (MS/MS) مقابل قواعد بيانات البروتينات هو أداة شائعة في مطيافية الكتلة، إلا أن السؤال حول موثوقية هذه البحث لا يزال مطروحًا. إن غياب درجات أهمية صارمة في البحث عن قاعدة بيانات MS/MS يجعل من الصعب استبعاد النتائج العشوائية من قاعدة البيانات وقد يؤدي إلى تحديد غير صحيح للبروتينات، خاصة في حالة الببتيدات المتحورة أو المعدلة بعد الترجمة. هذه المشكلة مهمة بشكل خاص لمشاريع MS/MS عالية الإنتاجية عندما تكون إمكانية التحليل من قبل الخبراء محدودة. وبالتالي، يتم البحث عن خوارزميات تميز بين النتائج الموثوقة وغير الموثوقة وتحدد الببتيدات المتحورة والمعدلة. تعتمد معظم خوارزميات البحث في قاعدة بيانات MS/MS على اختلافات في نهج عدد القمم المشتركة الذي يسجل أزواج الطيف بناءً على القمم (الكتل) التي لديهم بشكل مشترك. على الرغم من أن هذا النهج أثبت أنه مفيد، إلا أنه يحمل معدل خطأ مرتفع في تحديد الببتيدات المتحورة والمعدلة. نحن نصف أدوات جديدة للبحث في قواعد بيانات MS/MS، MS-CONVOLUTION وMS-ALIGNMENT، التي تنفذ نهجي الالتفاف الطيفي والمحاذاة الطيفية لتحديد الببتيدات. كما نقوم بتحليل هذه النهج لتحديد الببتيدات المعدلة ونعرض مزاياها على عدد القمم المشتركة. نستخدم أيضًا نهج المحاذاة الطيفية كمرشح في خوارزمية بحث جديدة في قاعدة البيانات التي تحدد بثقة الببتيدات التي تختلف بما يصل إلى تعديلين/تحولين من ببتيد في قاعدة البيانات.