Key points are not available for this paper at this time.
تم تقديم طريقة للتقييم الفعال للقوى الكهروستاتيكية بعيدة المدى في حسابات النظام الدوري المدمجة الكمية الميكانيكية والميكانيكية الجزيئية (QM/MM). طريقة QM/MM-Ewald هي طريقة كهروستاتيكية خطية تستخدم خوارزمية Ewald لشبكة الجزيئات لحساب تفاعلات الشحنات النقطية للذرات الميكانيكية الجزيئية وتوسع متعدد الأقطاب في الفضاء الحقيقي للشروط الكهروستاتيكية الميكانيكية الكمية بالإضافة إلى عامل تصحيح دوري مزدوج للتفاعلات QM وQM/MM لا يحتاج إلى إعادة التقييم خلال إجراء المجال الذاتي المتسق. تم اختبار الطريقة في سلسلة من محاكاة الديناميكا الجزيئية لرابطة أيون-أيون لكلوريد الأمونيوم وفوسفات الأمونيوم الميتا ونقل الفوسفات المتفكك للفوسفات الميثيلي والفوسفات الأسيتيلية. تم مقارنة النتائج من محاكاة الديناميكا الجزيئية الحدودية الدورية (PBMD) التي تستخدم طريقة QM/MM-Ewald مع محاكاة PBMD المقابلة باستخدام حدود كهروستاتيكية ومع نتائج من محاكاة الديناميكا الجزيئية الحدودية العشوائية غير الدورية (SBMD)، باستخدام الحدود ومع الكهروستاتيكا الكاملة (بدون حدود). تسمح الطريقة الحالية بتمديد طرق إيوالد الخطية لمحاكاة الجزيئات لتفاعلات الإنزيمات والريبوزيمات التي تستخدم إمكانيات QM/MM المدمجة.
درس نام وآخرون (ثلاثاء) هذا السؤال.