أداة برمجية للبحث في تعليقات البروتينات: برنامج مفتوح المصدر لتوضيح البروتينات مع عرض البيانات

لكي يتم استنتاج المعاني البيولوجية وبناء فرضيات قابلة للاختبار من تجارب البروتينات، يجب أن تُكمل تعيينات البروتينات التي تم تحديدها بواسطة مطيافية الكتلة أو تقنيات أخرى بملاحظات إضافية، مثل معلومات حول وظائف البروتينات المعروفة، التفاعلات بين البروتينات، أو ارتباطات المسارات البيولوجية. غالباً ما يتطلب جمع وتنظيم وتفسير هذه البيانات مدخلات من خبراء في المجال البيولوجي المدروس، بالإضافة إلى البحث المضني عن المعلومات وتجميعها من قواعد بيانات البروتينات على الإنترنت. علاوة على ذلك، يمكن أن يكون تصور هذا الكم من المعلومات تحديًا نظرًا للمحدودية في توفر أدوات سهلة الاستخدام ومجانية لهذه العملية. استجابةً لهذه القيود، قمنا بتصميم برنامج لأتمتة التعليق والتصور لبيانات البروتينات لتسريع وتيرة البحث. نقدم هنا أداة البرمجيات للبحث في تعليقات البروتينات (STRAP)، وهو تطبيق سهل الاستخدام ومفتوح المصدر بلغة C#. يقوم STRAP تلقائيًا بالحصول على مصطلحات علم الجينات (GO) المرتبطة بالبروتينات في قائمة نتائج البروتينات باستخدام قواعد بيانات UniProtKB و EBI GOA المتاحة مجانًا. تلخص نتائج STRAP في تنسيق جدولي سهل التصفح، وتشمل معلومات ميتا عن البروتين بالإضافة إلى مصطلحات GO التكاملية. بالإضافة إلى ذلك، يمكن تعديل هذه المعلومات من قبل المستخدم بحيث يمكن دمج الخبرة الداخلية حول بروتينات معينة في مجموعة البيانات الأكبر. يوفر STRAP عرضًا جدوليًا قابلًا للفرز لجميع المصطلحات، بالإضافة إلى تمثيلات رسومية لبيانات ارتباط مصطلحات GO في رسوم بيانية دائرية (العملية البيولوجية، العنصر الخلوي، والوظيفة الجزيئية) ورسوم بيانية عمودية (مقارنة شاملة لمجموعات العينات) للمساعدة في تفسير مجموعات البيانات الكبيرة وتجارب التحليل التفاضلي. علاوة على ذلك، يمكن تصدير البروتينات المثيرة للاهتمام كملف فريد بتنسيق FASTA للسماح بإعادة البحث القابلة للتخصيص على بيانات مطيافية الكتلة، ويمكن تشفير أسماء الجينات التي تقابل البروتينات في القوائم في تنسيق Gaggle لتوصيف أكبر، بما في ذلك تحليل المسار. STRAP، ودليل المستخدم، وشفرة المصدر بلغة C# متاحة مجانًا على http://cpctools.sourceforge.net.