مي رسل: استخراج آلي للارتباطات بين الميكروبات الصغيرة والجنات من الأدبيات الطبية الحيوية

الخلفية: تم اكتشاف الميكروبات الصغيرة كمُنظِّمات مهمة للتعبير الجيني. لتحديد الجينات المستهدفة للميكروبات الصغيرة، تم تطوير عدة قواعد بيانات وخوارزميات توقع. تقتصر الجينات المستهدفة المؤكدة تجريبياً من الميكروبات الصغيرة المتاحة في قواعد البيانات على عدد قليل. تم اشتقاق العديد من الميكروبات الصغيرة المُخزنة في قواعد البيانات من تجارب واسعة النطاق تُعتبر غير موثوقة للغاية. نقترح استخدام استخراج النصوص من ملخصات المنشورات لاستنباط الارتباطات بين الميكروبات الصغيرة والجينات، بما في ذلك علاقات الميكروبات المستهدفة، لت complement current repositories. النتائج: تجمع قاعدة بيانات الارتباطات بين الميكروبات الصغيرة والجينات miRSel بين نتائج استخراج النصوص وقواعد البيانات الحالية والتوقعات الحسابية. يمكّن استخراج النصوص من استنباط موثوق للأحداث الخاصة بالميكروبات الصغيرة، والجينات والبروتينات بالإضافة إلى علاقاتهم من النصوص. وبذلك، زادنا عدد الارتباطات بين الميكروبات الصغيرة والجينات في البشر والفئران والجرذان بمقدار ثلاثة أضعاف على الأقل مقارنةً بـ TarBase، وهو مورد للارتباطات بين الميكروبات الصغيرة والجينات. الاستنتاجات: توفر قاعدة بياناتنا miRSel أكبر مجموعة حاليًا من الارتباطات بين الميكروبات الصغيرة والجينات المستمدة من الأدبيات. تعتبر المجموعات الشاملة من الارتباطات بين الميكروبات الصغيرة والجينات مهمة لتطوير أدوات توقع أهداف الميكروبات الصغيرة وتحليل الشبكات التنظيمية. يتم تحديث miRSel يومياً ويمكن استعلامها باستخدام واجهة مبنية على الويب من خلال معرّفات الميكروبات الصغيرة، أسماء الجينات والبروتينات، استعلامات PubMed بالإضافة إلى مصطلحات علم الأحياء الجيني (GO). miRSel متاح مجاناً عبر الإنترنت على http://services.bio.ifi.lmu.de/mirsel.