FR-HIT، برنامج سريع جدًا لتجنيد قراءات الميتاجينوم إلى الجينومات المرجعية المتجانسة

الملخص: تجنيد الفراجمنت، وهو عملية محاذاة قراءات التسلسل مع الجينومات المرجعية، يعتبر خطوة حاسمة في تحليل بيانات الميتاجينوم. البرامج المتاحة لمحاذاة التسلسل إما أنها بطيئة أو غير كافية لتجنيد قراءات الميتاجينوم. قمنا بتنفيذ خوارزمية فعالة، FR-HIT، لتجنيد الفراجمنت. طبقنا FR-HIT والعديد من الأدوات الأخرى بما في ذلك BLASTN، MegaBLAST، BLAT، LAST، SSAHA2، SOAP2، BWA و BWA-SW لتجنيد أربعة مجموعات بيانات ميتاجينومية من أنواع مختلفة من أجهزة التسلسل. في المتوسط، قامت FR-HIT و BLASTN بتجنيد عدد أكبر بكثير من القراءات مقارنة بالبرامج الأخرى، بينما FR-HIT أسرع بنحو مرتبتين من حيث الحجم مقارنة بـ BLASTN. FR-HIT أبطأ من أسرع SOAP2، BWA و BWA-SW، لكنها قامت بتجنيد 1-5 مرات أكثر من القراءات. التوافر: http://weizhongli-lab.org/frhit.